Село Верхний Цей расположено в центральной части Алагирского района, на левом берегу реки Комдон Республики Северная Осетия-Алания в 50 км от районного центра Алагир. Находится на высоте 1845 м над уровнем моря.
Географические координаты:42°48'8.1"N 43°56'12.4"E